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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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沙門氏菌感染症
潛伏期：1-2 週，好發於 1-2 月齡犢牛。急性感染常見敗血症及胃腸炎；慢性感染則以肺炎及關節炎為主。
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弓蟲症
弓蟲的發育可以分為以下五個型態，滋養體(trophozoite)、組織囊體(tissue cyst)、裂殖體(schizont)、裂殖子(merozoite)和卵囊(oocyst)。
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牛球蟲病
據文獻報導感染牛隻的球蟲有14種，其中以Eimeria zurnii、E. bovis和E.auburnensis致病力最強，又以前面二者最為常見。
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放線菌病
主要好發於2至5歲之牛隻，通常侵犯頷骨並造成骨髓炎、骨膜炎，並可能形成化膿性之肉芽腫。
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放線桿菌病
本病為一種會侵犯頭部與頸部皮膚與軟組織之慢性化膿性肉芽腫性疾病，典型的特徵性病變為感染舌頭組織使之變硬，因此又稱為木舌病。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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牛結節疹
牛結節疹有結節狀皮膚炎、潰瘍、淋巴結炎及單肢或多肢水腫等特點，發病率高但死亡率低，造成的經濟損失主要為產乳量下降、流產、不孕、牛皮無法利用等。牛結節疹最早於1929年，發生於北羅德西亞牛群，產生一種假性風疹(pseudo urticarial)，目前已存在許多非洲國家，從2000年開始於中東地區發現，而在2013年土耳其則有報告出現。
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牛囊蟲病
無鉤絛蟲生活史之中間宿主包括：牛、綿羊、山羊以及人類，可見牛囊尾幼蟲寄生，肉眼則可見囊孢之病變；終宿主為人類，寄生於人的小腸，8週後可見成蟲。
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壞死桿菌病
壞死桿菌廣泛分布於環境中如土壤、糞便等，在牛隻口腔、腸道中也可分離出本菌。本病好發於體表如皮膚組織與消化道，也可能轉移至內臟。臨床上於成牛會轉變為腐蹄病，而於小牛則轉變為壞死性口炎，俗稱白喉。
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淋巴肉瘤 (淋巴瘤)
淋巴肉瘤在牛身上通常以皮膚型肉瘤的型態呈現，好發於6-24月齡的牛隻，為漸進性的疾病，導致牛隻皮膚出現多發性的腫瘤，並可能伴隨淋巴相關疾病。本病可由牛白血病病毒所引起，但並非所有患牛皆與本病原有關，部分患牛體內並無此病之抗體，推測與遺傳有關，但仍需進一步的透過實驗證實。
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山羊痘
人工感染潛伏期為2至3天，自然感染為8至13天，最長可達21天。病原對酸不穩定，對乾燥有抵抗力，在污染牧場中病毒至少可存活半年之久。故根據世界動物衛生組織 (O.I.E) 的規定，養羊場對於新進羊隻的隔離檢疫至少需21天，而受感染之羊場則須經半年之後，始得復養。發病率的起伏極大，死亡率常介於10％ 至50％，所有年齡層均會受到影響，仔羊的死亡率高。死亡率高峰期為全身病變出現後2週左右。若是發生在新爆發地區死亡率可高達100%，最主要的死因通常是嚴重肺炎造成的呼吸困難。
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牛乳突狀瘤病
此病為乳突病毒 (papillomavirus) 於皮膚或黏膜所引起之良性表皮腫瘤增生，外觀常為乳突狀或多發於表面成疣狀。病灶通常不需經過處置，過一段時間就會自癒，病癒後之患牛通常會獲得一定程度之免疫能力。如牛隻身上有多量且大之疣並長時間未痊癒，此牛可能有免疫不全之問題，如牛病毒性腹瀉病毒Bovine viral diarrhea virus (BVDV) 或牛白血球吸附缺陷症Bovine Leukocyte Adhesion Deficiency (BLAD)。
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羊腦灰質軟化症
本病為營養性疾病，一般認為與飼料中含硫胺素 (thiamine) 量有關，或與食入過多的硫有關。但是本病被認為是一個多原因性的疾病。有感受性的羊隻會呈現盲目、側躺、微震顫，進而死亡。
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接觸傳染性化膿性口炎
接觸傳染性化膿性口炎之病原為Orf virus (OV)，呈長卵型，病毒表面具有絲狀結構排列成規則之螺旋型，大小約 160x260 nm 之具封套雙股 DNA 病毒 (圖D)。OV 親和上皮細胞。此病毒於自然環境下抵抗性強，且也能抵抗消毒劑，如乙醚及氯仿，但於 58-60℃ 加熱半小時即可破壞本病毒。感染羊隻病灶處癒合後，脫落之痂皮內仍然有高力價之病毒，能長時間存活於環境中，並感染其他羊隻。根據以上病毒特性，要於環境中徹底清除此病毒較為困難。
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