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牛病毒性下痢
牛病毒性下痢為由黃病毒科 (Flaviridae) 之瘟疫病毒屬 (Pestivirus) 所引起之傳染病。此病造成動物長期帶原與免疫抑制，且導致懷孕母牛流死產與受胎率下降、公牛精液異常以及小牛生長緩慢，並造成經濟上損失。症狀於嚴重之黏膜病可見整段消化道黏膜之充血、出血、糜爛及潰瘍之情形。
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犢牛冠狀病毒感染症
本疾病為病原為冠狀病毒，主要發生在7-10日齡之犢牛，有時亦可見於約3週齡之犢牛，小腸為其主要的感染部位。牛隻可以經口或呼吸道感染本病毒。病毒在侵犯消化道之後，會在小腸前段絨毛上皮進行增殖，之後會漸漸侵犯到小腸後段及大腸，造成嚴重的結腸炎。被感染的成熟腸細胞會失去吸收和分泌正常消化酵素的能力，使得腸道消化的能力下降，使得含有大量乳糖的未消化食物增加細菌的繁殖活性和滲透壓上升，導致更多水分進入腸腔，發生吸收不良性下痢。
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犢牛輪狀病毒感染症
本疾病病原為輪狀病毒，主要發生在犢牛，小腸為其主要的感染部位，會造成腸絨毛的破壞，使腸陷窩的柱狀上皮細胞被未成熟的立方上皮細胞取代。未成熟的立方上皮細胞雖然對病毒有抵禦能力，但因為雙醣酶和鈉-鉀ATP酶活性的缺乏，導致犢牛吸收和消化功能受到嚴重影響。未成熟的立方上皮細胞取代原有上皮細胞後，會在腸絨毛已被破壞的情況下仍維持正常分泌，導致分泌大於吸收，造成犢牛腹瀉。在上述的情況下，腸道的滲透壓會升高，水會隨著乳糖及其它未消化物質通過腸腔，產生揮發性脂肪酸，嚴重可致代謝性酸中毒。
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牛結節疹
牛結節疹有結節狀皮膚炎、潰瘍、淋巴結炎及單肢或多肢水腫等特點，發病率高但死亡率低，造成的經濟損失主要為產乳量下降、流產、不孕、牛皮無法利用等。牛結節疹最早於1929年，發生於北羅德西亞牛群，產生一種假性風疹(pseudo urticarial)，目前已存在許多非洲國家，從2000年開始於中東地區發現，而在2013年土耳其則有報告出現。
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第四胃 (皺胃) 異位
第四胃 (皺胃) 異位 (displaced abomasum) 為乳牛消化道問題中最常見之外科疾病。依異位之位置不同，可分為左側皺胃異位 (left displaced abomasum; LDA) 及右側皺胃異位 (right displaced abomasum; RDA)。LDA 佔所有病例中的80% ~ 90%。第四胃異位好發於分娩後一個月內之高產乳牛，較少在產前三個月及分娩前發生。
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