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犢牛隱孢子蟲感染症
本疾病之病原為 Cryptosporidium muris，主要發生在5-28日齡之犢牛，有時亦可見於約1月齡之犢牛，腸道為其主要的寄生部位，嚴重時整個消化道都可能被其寄生。隱孢子蟲感染正可以經糞口途徑或受污染的飼料與水源等來傳播，隱孢子蟲的卵囊在被牛隻食入後，會在體內釋出子孢子，子孢子對所有消化道皆具有親和力，其中又以迴腸黏膜和小腸腸細孢為最強。子孢子會在會在細孢的表面形成空泡，空泡破掉以後會是出裂殖子，進而感染其它腸細孢，造成大量的腸細孢被破壞。寄生在腸道的隱孢子蟲有20 %是薄壁卵囊，另外的80 %是厚壁卵囊，前者可以留在體內形成持續性的感染，後者則是會隨著糞便排出體外。
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冬季痢疾
本疾病為病原目前仍然未明。最早懷疑病原為彎曲桿菌，但無法藉由柯霍氏假說得到驗證，後來MacPherson等人以感染牛的糞便成功感染其他牛隻，因此懷疑為病毒所造成。近年來，所有病力的報告都將病原指向冠狀病毒，但仍需更精確的實驗證明。本病主要發生在成牛，因為發病期間通常為10月至隔年4月，故獲稱為冬季痢疾。本病傳染能力很強，除了會影響感染牛隻的健康狀況，還會降低產乳量，因此造成農民極大的經濟損失。
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腸毒血症
腸毒血症，一般稱為過食病(overeating)或腐腎病(pulpy kidney disease)。主要是因為從腸上皮絨毛吸收了過量的產氣莢膜梭菌的毒素所造成的。產氣莢膜梭菌根據其所產生的毒素alpha(CPA), beta(CPB), epsilon (ETX)及iota (ITX)可分為為A, B, C, D, 及E五種毒素型（表一）。一般而言，產氣莢膜梭菌type C 及D，是最常從健康的羊及環境中的土壤所發現，在某些情形下，尤其是吃入過量精料，腸道之產氣莢膜梭菌過度生長而產生過多的毒素時，就會造成本病。
幼年羊隻較容易罹患本病，並有突然死亡及高感染率的情形。由於本病原在健康羊隻的腸道，因此，成年羊隻因已產生抗體，故較不會受到病原的影響。
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傳染性無乳症
傳染性無乳症，可感染山羊及綿羊，造成乳房炎、關節炎及角膜結膜炎(keratoconjunctivitis)。也可能造成流產。但是其感染必須和M. capricolum subsp. capricolum (Mcc)，M. mycoides subsp. Capri (Mmc)及M. putrefaciens感染性進行區別診斷。
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