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犢牛隱孢子蟲感染症
本疾病之病原為 Cryptosporidium muris，主要發生在5-28日齡之犢牛，有時亦可見於約1月齡之犢牛，腸道為其主要的寄生部位，嚴重時整個消化道都可能被其寄生。隱孢子蟲感染正可以經糞口途徑或受污染的飼料與水源等來傳播，隱孢子蟲的卵囊在被牛隻食入後，會在體內釋出子孢子，子孢子對所有消化道皆具有親和力，其中又以迴腸黏膜和小腸腸細孢為最強。子孢子會在會在細孢的表面形成空泡，空泡破掉以後會是出裂殖子，進而感染其它腸細孢，造成大量的腸細孢被破壞。寄生在腸道的隱孢子蟲有20 %是薄壁卵囊，另外的80 %是厚壁卵囊，前者可以留在體內形成持續性的感染，後者則是會隨著糞便排出體外。
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第四胃 (皺胃) 異位
第四胃 (皺胃) 異位 (displaced abomasum) 為乳牛消化道問題中最常見之外科疾病。依異位之位置不同，可分為左側皺胃異位 (left displaced abomasum; LDA) 及右側皺胃異位 (right displaced abomasum; RDA)。LDA 佔所有病例中的80% ~ 90%。第四胃異位好發於分娩後一個月內之高產乳牛，較少在產前三個月及分娩前發生。
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冬季痢疾
本疾病為病原目前仍然未明。最早懷疑病原為彎曲桿菌，但無法藉由柯霍氏假說得到驗證，後來MacPherson等人以感染牛的糞便成功感染其他牛隻，因此懷疑為病毒所造成。近年來，所有病力的報告都將病原指向冠狀病毒，但仍需更精確的實驗證明。本病主要發生在成牛，因為發病期間通常為10月至隔年4月，故獲稱為冬季痢疾。本病傳染能力很強，除了會影響感染牛隻的健康狀況，還會降低產乳量，因此造成農民極大的經濟損失。
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羊隠孢子蟲感染症
隠孢子蟲廣泛存在於土壤及環境中，並對環境的改變及消毒劑較無感受性，因此，容易感染羊隻，造成仔羊的死亡。清除隠孢子蟲的唯一方式為充分清潔，使無污泥或糞便留存。另者，應防止其污染水源及食物，造成人之感染。在冷水中或較濕冷環境中，卵可以無感染能力的狀態下，存活數個月之久。而受感染之動物（牛、羊、綿羊）可以排出卵數月之久。
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腸毒血症
腸毒血症，一般稱為過食病(overeating)或腐腎病(pulpy kidney disease)。主要是因為從腸上皮絨毛吸收了過量的產氣莢膜梭菌的毒素所造成的。產氣莢膜梭菌根據其所產生的毒素alpha(CPA), beta(CPB), epsilon (ETX)及iota (ITX)可分為為A, B, C, D, 及E五種毒素型（表一）。一般而言，產氣莢膜梭菌type C 及D，是最常從健康的羊及環境中的土壤所發現，在某些情形下，尤其是吃入過量精料，腸道之產氣莢膜梭菌過度生長而產生過多的毒素時，就會造成本病。
幼年羊隻較容易罹患本病，並有突然死亡及高感染率的情形。由於本病原在健康羊隻的腸道，因此，成年羊隻因已產生抗體，故較不會受到病原的影響。
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乳酸中毒症
當動物食入過多的穀類(在台灣以玉米為主)時，會造成瘤胃細菌(尤其是Streptococcus bovis)過量生長，經由代謝而產生過多之乳酸，使瘤胃之pH值小於5，而使得其中之原蟲及其他需求中性環境之細菌死亡。在此環境中，乳酸菌又過度生長，產生更多的乳酸，因滲透壓之改變，造成水份向瘤胃集中，而使動物脫水。
乳酸經由血液吸收後，由於肝臟無法及時處理而造成血液中堆積過多乳酸，產生乳酸酸血症，造成血液濃縮(hemoconcentration)，心循環系統衰弱 (cardiovascular collapse)、腎衰竭，肌肉衰弱、休克最後死亡。未死亡的動物常在數週後有瘤胃內黴素增生 (mycotic rumenitis)，及肝膿腫的情形出現。
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小反芻獸疫
本病毒為一具有封套 (envelope) 之單股核醣核酸 (RNA) 病毒，其分類主要是基於其融合蛋白基因（Fusion protein gene, F），可知共有四族系（lineage），族系1及2僅於西非可見。而族系3在東非可見，族系4則在中東及亞洲可見，而族系4與族系1相似。病原主要感染綿羊及山羊，但也會感染其他野生動物，如紅鹿 (Cervus elaphus)、白尾鹿 (Odocoileus virginianus)、瞪羚 (Gazelle)、阿爾卑斯野山羊(ibex) 及野生綿羊。
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傳染性無乳症
傳染性無乳症，可感染山羊及綿羊，造成乳房炎、關節炎及角膜結膜炎(keratoconjunctivitis)。也可能造成流產。但是其感染必須和M. capricolum subsp. capricolum (Mcc)，M. mycoides subsp. Capri (Mmc)及M. putrefaciens感染性進行區別診斷。
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