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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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沙門氏菌感染症
潛伏期：1-2 週，好發於 1-2 月齡犢牛。急性感染常見敗血症及胃腸炎；慢性感染則以肺炎及關節炎為主。
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犢牛輪狀病毒感染症
本疾病病原為輪狀病毒，主要發生在犢牛，小腸為其主要的感染部位，會造成腸絨毛的破壞，使腸陷窩的柱狀上皮細胞被未成熟的立方上皮細胞取代。未成熟的立方上皮細胞雖然對病毒有抵禦能力，但因為雙醣酶和鈉-鉀ATP酶活性的缺乏，導致犢牛吸收和消化功能受到嚴重影響。未成熟的立方上皮細胞取代原有上皮細胞後，會在腸絨毛已被破壞的情況下仍維持正常分泌，導致分泌大於吸收，造成犢牛腹瀉。在上述的情況下，腸道的滲透壓會升高，水會隨著乳糖及其它未消化物質通過腸腔，產生揮發性脂肪酸，嚴重可致代謝性酸中毒。
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冬季痢疾
本疾病為病原目前仍然未明。最早懷疑病原為彎曲桿菌，但無法藉由柯霍氏假說得到驗證，後來MacPherson等人以感染牛的糞便成功感染其他牛隻，因此懷疑為病毒所造成。近年來，所有病力的報告都將病原指向冠狀病毒，但仍需更精確的實驗證明。本病主要發生在成牛，因為發病期間通常為10月至隔年4月，故獲稱為冬季痢疾。本病傳染能力很強，除了會影響感染牛隻的健康狀況，還會降低產乳量，因此造成農民極大的經濟損失。
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羊隠孢子蟲感染症
隠孢子蟲廣泛存在於土壤及環境中，並對環境的改變及消毒劑較無感受性，因此，容易感染羊隻，造成仔羊的死亡。清除隠孢子蟲的唯一方式為充分清潔，使無污泥或糞便留存。另者，應防止其污染水源及食物，造成人之感染。在冷水中或較濕冷環境中，卵可以無感染能力的狀態下，存活數個月之久。而受感染之動物（牛、羊、綿羊）可以排出卵數月之久。
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腸毒血症
腸毒血症，一般稱為過食病(overeating)或腐腎病(pulpy kidney disease)。主要是因為從腸上皮絨毛吸收了過量的產氣莢膜梭菌的毒素所造成的。產氣莢膜梭菌根據其所產生的毒素alpha(CPA), beta(CPB), epsilon (ETX)及iota (ITX)可分為為A, B, C, D, 及E五種毒素型（表一）。一般而言，產氣莢膜梭菌type C 及D，是最常從健康的羊及環境中的土壤所發現，在某些情形下，尤其是吃入過量精料，腸道之產氣莢膜梭菌過度生長而產生過多的毒素時，就會造成本病。
幼年羊隻較容易罹患本病，並有突然死亡及高感染率的情形。由於本病原在健康羊隻的腸道，因此，成年羊隻因已產生抗體，故較不會受到病原的影響。
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乳酸中毒症
當動物食入過多的穀類(在台灣以玉米為主)時，會造成瘤胃細菌(尤其是Streptococcus bovis)過量生長，經由代謝而產生過多之乳酸，使瘤胃之pH值小於5，而使得其中之原蟲及其他需求中性環境之細菌死亡。在此環境中，乳酸菌又過度生長，產生更多的乳酸，因滲透壓之改變，造成水份向瘤胃集中，而使動物脫水。
乳酸經由血液吸收後，由於肝臟無法及時處理而造成血液中堆積過多乳酸，產生乳酸酸血症，造成血液濃縮(hemoconcentration)，心循環系統衰弱 (cardiovascular collapse)、腎衰竭，肌肉衰弱、休克最後死亡。未死亡的動物常在數週後有瘤胃內黴素增生 (mycotic rumenitis)，及肝膿腫的情形出現。
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傳染性無乳症
傳染性無乳症，可感染山羊及綿羊，造成乳房炎、關節炎及角膜結膜炎(keratoconjunctivitis)。也可能造成流產。但是其感染必須和M. capricolum subsp. capricolum (Mcc)，M. mycoides subsp. Capri (Mmc)及M. putrefaciens感染性進行區別診斷。
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