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羊搔癢症
羊搔癢症是傳染性海綿狀腦病（Transmissible spongiform encephalopathy; TSE）的一種，由普利昂蛋白感染所致，造成宿主中樞神經系統的細胞膜上蓄積了許多異常之醣蛋白（Scrapie Prion Protein; PrPSc）， 形成腦部的退化性疾病。罹病動物產生劇癢、共濟失調、衰弱及死亡。主要感染的動物是綿羊及山羊，目前未有報告會感染人類。此外，病原還有抗熱、抗化學藥物及抗輻射等特性。
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山羊痘
人工感染潛伏期為2至3天，自然感染為8至13天，最長可達21天。病原對酸不穩定，對乾燥有抵抗力，在污染牧場中病毒至少可存活半年之久。故根據世界動物衛生組織 (O.I.E) 的規定，養羊場對於新進羊隻的隔離檢疫至少需21天，而受感染之羊場則須經半年之後，始得復養。發病率的起伏極大，死亡率常介於10％ 至50％，所有年齡層均會受到影響，仔羊的死亡率高。死亡率高峰期為全身病變出現後2週左右。若是發生在新爆發地區死亡率可高達100%，最主要的死因通常是嚴重肺炎造成的呼吸困難。
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黴漿菌性山羊傳染性角膜結膜炎
本病為高傳染性，造成綿羊及山羊眼睛炎症的細菌性疾病。本病原可潛伏在健康羊隻結膜，當有其它誘發因子時，造成羊隻發病。誘發因子如強光、粉塵、牧草等均可能造成眼睛的刺激，誘發疾病。傳染性角膜結膜炎會影響視力使家畜體重增重減少、產乳量下降，加上治療花費，造成農民明顯的經濟損失。
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羊隠孢子蟲感染症
隠孢子蟲廣泛存在於土壤及環境中，並對環境的改變及消毒劑較無感受性，因此，容易感染羊隻，造成仔羊的死亡。清除隠孢子蟲的唯一方式為充分清潔，使無污泥或糞便留存。另者，應防止其污染水源及食物，造成人之感染。在冷水中或較濕冷環境中，卵可以無感染能力的狀態下，存活數個月之久。而受感染之動物（牛、羊、綿羊）可以排出卵數月之久。
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腸毒血症
腸毒血症，一般稱為過食病(overeating)或腐腎病(pulpy kidney disease)。主要是因為從腸上皮絨毛吸收了過量的產氣莢膜梭菌的毒素所造成的。產氣莢膜梭菌根據其所產生的毒素alpha(CPA), beta(CPB), epsilon (ETX)及iota (ITX)可分為為A, B, C, D, 及E五種毒素型（表一）。一般而言，產氣莢膜梭菌type C 及D，是最常從健康的羊及環境中的土壤所發現，在某些情形下，尤其是吃入過量精料，腸道之產氣莢膜梭菌過度生長而產生過多的毒素時，就會造成本病。
幼年羊隻較容易罹患本病，並有突然死亡及高感染率的情形。由於本病原在健康羊隻的腸道，因此，成年羊隻因已產生抗體，故較不會受到病原的影響。
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羊腦灰質軟化症
本病為營養性疾病，一般認為與飼料中含硫胺素 (thiamine) 量有關，或與食入過多的硫有關。但是本病被認為是一個多原因性的疾病。有感受性的羊隻會呈現盲目、側躺、微震顫，進而死亡。
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乳酸中毒症
當動物食入過多的穀類(在台灣以玉米為主)時，會造成瘤胃細菌(尤其是Streptococcus bovis)過量生長，經由代謝而產生過多之乳酸，使瘤胃之pH值小於5，而使得其中之原蟲及其他需求中性環境之細菌死亡。在此環境中，乳酸菌又過度生長，產生更多的乳酸，因滲透壓之改變，造成水份向瘤胃集中，而使動物脫水。
乳酸經由血液吸收後，由於肝臟無法及時處理而造成血液中堆積過多乳酸，產生乳酸酸血症，造成血液濃縮(hemoconcentration)，心循環系統衰弱 (cardiovascular collapse)、腎衰竭，肌肉衰弱、休克最後死亡。未死亡的動物常在數週後有瘤胃內黴素增生 (mycotic rumenitis)，及肝膿腫的情形出現。
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小反芻獸疫
本病毒為一具有封套 (envelope) 之單股核醣核酸 (RNA) 病毒，其分類主要是基於其融合蛋白基因（Fusion protein gene, F），可知共有四族系（lineage），族系1及2僅於西非可見。而族系3在東非可見，族系4則在中東及亞洲可見，而族系4與族系1相似。病原主要感染綿羊及山羊，但也會感染其他野生動物，如紅鹿 (Cervus elaphus)、白尾鹿 (Odocoileus virginianus)、瞪羚 (Gazelle)、阿爾卑斯野山羊(ibex) 及野生綿羊。
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李斯特菌病
單核細菌增生性李斯特菌，又名李斯特菌。是一種兼性厭氧、型小、有移動性、革蘭氏陽性、非孢子形成，有強烈抗環境性，雙極染色性之球桿菌。可以在4-44 °C中生存。病原主要是生長在有植物的土壤中，有大於42種動物及22種鳥類、魚、昆蟲及其他許多環境中均能生存。李斯特菌主要生長在土壤中及哺乳動物的胃腸道中，因此，二者均非常容易造成植物(蔬菜類)中含有本菌而造成人因食入而造成感染。本病原不喜在酸性環境中生長。
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山羊接觸傳染性胸膜肺炎
本病傳染性可達100%及致死率60%-100%。故列為重要動物傳染病。本病可由帶原動物將病原傳播至新的未感染的地區，在密飼空間中，更容易傳播本病。肺炎及胸膜肺炎也可由其他的黴漿菌，如M. mycoides capri 傳播，則因其毒力較弱，故感染率及死亡率均較低，且會造成關節及乳房部感染。
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妊娠毒血症
本病為營養性疾病，常發生在懷孕的末期，尤其是懷有雙胞胎或以上胎兒時。又稱為酮病 (ketosis)，常發生在分娩前2-4週，有時也可發生在泌乳期。羊隻因營養成份之醣類缺乏，血糖下降，造成動物轉而代謝體內之脂肪，造成血中酮體 (ketone)量的上升，導致本病的產生。
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接觸傳染性化膿性口炎
接觸傳染性化膿性口炎之病原為Orf virus (OV)，呈長卵型，病毒表面具有絲狀結構排列成規則之螺旋型，大小約 160x260 nm 之具封套雙股 DNA 病毒 (圖D)。OV 親和上皮細胞。此病毒於自然環境下抵抗性強，且也能抵抗消毒劑，如乙醚及氯仿，但於 58-60℃ 加熱半小時即可破壞本病毒。感染羊隻病灶處癒合後，脫落之痂皮內仍然有高力價之病毒，能長時間存活於環境中，並感染其他羊隻。根據以上病毒特性，要於環境中徹底清除此病毒較為困難。
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傳染性無乳症
傳染性無乳症，可感染山羊及綿羊，造成乳房炎、關節炎及角膜結膜炎(keratoconjunctivitis)。也可能造成流產。但是其感染必須和M. capricolum subsp. capricolum (Mcc)，M. mycoides subsp. Capri (Mmc)及M. putrefaciens感染性進行區別診斷。
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牛隻低血鈣症
本病為急性到亞急性，因低血鈣症造成四肢發抖及震顫。於任何時期產生低血鈣的問題，造成牛或羊隻起立不能。由於本病常發生在高產乳牛或生犢之後，故稱為乳熱。本病亦可在分娩前數日發生。因牛與羊之低血鈣症略有不同，故在此，僅敘述牛之低血鈣症。
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山羊關節炎腦炎
CAE廣泛分佈於多數工業化國家，而開發中國家的原生山羊除非曾與進口山羊接觸，否則很少出現此病。盛行率會隨年齡增加，但無關性別。多數山羊在年輕時即染病而終身帶原，並於感染後數月到數年後發病。
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