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牛流行熱
由牛流行熱病毒 (bovine ephemeral fever virus, BEFV) 病毒引起的一種發熱性急性傳染病。以高熱、呼吸困難、跛足為特徵。主要感染動物為乳牛、黃牛、水牛，偶有鹿之感染病例。所有不同品種、性別、年齡之牛隻均可能感染此病，其中以3-5歲的牛隻最易感染發病。
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牛副結核病
主要發生於牛、羊等反芻動物的慢性致死性肉芽腫性腸炎，為漸進消耗性傳染病。感染初期無臨床症狀，但可持續從糞便中排菌汙染環境；發病動物會呈現頑固性下痢和漸進性體重減輕等臨床症狀，疾病末期由於腸道大量蛋白質流失造成特徵性下頷水腫( bottle jaw)，最後因脫水和惡病質而死亡。
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口蹄疫
口蹄疫是由Picronaviridae科，Alphthovirus屬之口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus；FMDV) 引起之高度傳染性疾病，主要對偶蹄類動物 (如：豬、鹿、牛、羊) 具感受性，疾病發生率可達100 %，除年幼動物外，否則死亡率極低。罹病之動物可見高燒，口吻、乳頭、及蹄部有水泡。
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牛傳染性鼻氣管炎 (呼吸道型)
(1). 潛伏期：4～6日，有些達20日。(2). 臨床疾病分型最常見呼吸道型，其他型多以不同程度併發。(3). 隱性感染者為重要傳染源，其病毒潛伏於三叉神經節及腰、薦神經節中，受刺激活化後排毒於鼻汁、陰道分泌物。(4). 病程多大於10日，嚴重則數小時內死亡。
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子宮蓄膿
子宮蓄膿是指牛隻子宮內存有膿汁，通常因為異常分娩、子宮感染發生，直腸檢查時可發現卵巢有黃體存在，子宮膨大沈於腹腔下方，子宮內有波動感但完全無收縮性，壓迫子宮有時會有膿汁排出。子宮蓄膿症很少有全身的症狀出現，可由胎衣滯留、交配感染或子宮炎轉化而來。如果是在配種後發生的，大多與早期胚胎死亡有關，應當懷疑牛隻患有造成胎兒死亡的疾病，像是滴蟲症。如果是在分娩後發生的，則可懷疑是否有胎衣滯留、異常分娩造成子宮復舊延緩。
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放線菌病
主要好發於2至5歲之牛隻，通常侵犯頷骨並造成骨髓炎、骨膜炎，並可能形成化膿性之肉芽腫。
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牛海綿狀腦病
其病原不屬於細菌也不屬於病毒，屬於一種缺之核酸之醣蛋白 (prion)。Prion位於神經細胞表面，是一種醣蛋白，以glycophosphatidyl與細胞膜連結，正常的prion是α-helices結構 (cellular prion protein; PrPC)，變性後的prion會轉變為β-sheets結構 (scrapie prion protein; PrPSc)。PrPSc會將神經細胞內正常的PrPC轉化成PrPSc，並以等比級數的速度累積在神經細胞內，終使腦組織變成海綿樣。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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牛結節疹
牛結節疹有結節狀皮膚炎、潰瘍、淋巴結炎及單肢或多肢水腫等特點，發病率高但死亡率低，造成的經濟損失主要為產乳量下降、流產、不孕、牛皮無法利用等。牛結節疹最早於1929年，發生於北羅德西亞牛群，產生一種假性風疹(pseudo urticarial)，目前已存在許多非洲國家，從2000年開始於中東地區發現，而在2013年土耳其則有報告出現。
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牛鉤端螺旋體病
大多數的哺乳類動物皆會感染，包括野生動物，不同動物帶有不同的血清型，病原寄生於動物之腎小管，造成腎臟慢性感染，並且由尿液大量排菌並可能終生帶原。
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壞死桿菌病
壞死桿菌廣泛分布於環境中如土壤、糞便等，在牛隻口腔、腸道中也可分離出本菌。本病好發於體表如皮膚組織與消化道，也可能轉移至內臟。臨床上於成牛會轉變為腐蹄病，而於小牛則轉變為壞死性口炎，俗稱白喉。
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牛邊緣無形體病
成年牛隻對此病感受性較幼年牛隻高。該病原為絕對細胞內寄生，主要感染動物之紅血球，會造成紅血球脆弱而導致嚴重貧血。受感染的動物通常不示臨床症狀，但若有其他內、外因子造成緊迫等則可能發病，死亡率低，但老年牛隻 (2 ~ 3歲) 死亡率約20 ~ 50 %。耐過之動物恢復期可長達3個月，恢復後成為帶菌者，但血液中不易發現邊緣小體 (Marginal body) 的存在。
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第四胃 (皺胃) 異位
第四胃 (皺胃) 異位 (displaced abomasum) 為乳牛消化道問題中最常見之外科疾病。依異位之位置不同，可分為左側皺胃異位 (left displaced abomasum; LDA) 及右側皺胃異位 (right displaced abomasum; RDA)。LDA 佔所有病例中的80% ~ 90%。第四胃異位好發於分娩後一個月內之高產乳牛，較少在產前三個月及分娩前發生。
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冬季痢疾
本疾病為病原目前仍然未明。最早懷疑病原為彎曲桿菌，但無法藉由柯霍氏假說得到驗證，後來MacPherson等人以感染牛的糞便成功感染其他牛隻，因此懷疑為病毒所造成。近年來，所有病力的報告都將病原指向冠狀病毒，但仍需更精確的實驗證明。本病主要發生在成牛，因為發病期間通常為10月至隔年4月，故獲稱為冬季痢疾。本病傳染能力很強，除了會影響感染牛隻的健康狀況，還會降低產乳量，因此造成農民極大的經濟損失。
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羊搔癢症
羊搔癢症是傳染性海綿狀腦病（Transmissible spongiform encephalopathy; TSE）的一種，由普利昂蛋白感染所致，造成宿主中樞神經系統的細胞膜上蓄積了許多異常之醣蛋白（Scrapie Prion Protein; PrPSc）， 形成腦部的退化性疾病。罹病動物產生劇癢、共濟失調、衰弱及死亡。主要感染的動物是綿羊及山羊，目前未有報告會感染人類。此外，病原還有抗熱、抗化學藥物及抗輻射等特性。
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腸毒血症
腸毒血症，一般稱為過食病(overeating)或腐腎病(pulpy kidney disease)。主要是因為從腸上皮絨毛吸收了過量的產氣莢膜梭菌的毒素所造成的。產氣莢膜梭菌根據其所產生的毒素alpha(CPA), beta(CPB), epsilon (ETX)及iota (ITX)可分為為A, B, C, D, 及E五種毒素型（表一）。一般而言，產氣莢膜梭菌type C 及D，是最常從健康的羊及環境中的土壤所發現，在某些情形下，尤其是吃入過量精料，腸道之產氣莢膜梭菌過度生長而產生過多的毒素時，就會造成本病。
幼年羊隻較容易罹患本病，並有突然死亡及高感染率的情形。由於本病原在健康羊隻的腸道，因此，成年羊隻因已產生抗體，故較不會受到病原的影響。
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傳染性無乳症
傳染性無乳症，可感染山羊及綿羊，造成乳房炎、關節炎及角膜結膜炎(keratoconjunctivitis)。也可能造成流產。但是其感染必須和M. capricolum subsp. capricolum (Mcc)，M. mycoides subsp. Capri (Mmc)及M. putrefaciens感染性進行區別診斷。
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山羊關節炎腦炎
CAE廣泛分佈於多數工業化國家，而開發中國家的原生山羊除非曾與進口山羊接觸，否則很少出現此病。盛行率會隨年齡增加，但無關性別。多數山羊在年輕時即染病而終身帶原，並於感染後數月到數年後發病。
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