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布氏桿菌病
牛布氏桿菌症之特徵為生殖器官及胎膜發炎，引起流產、不育以及各種組織之局部病灶。
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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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口蹄疫
口蹄疫是由Picronaviridae科，Alphthovirus屬之口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus；FMDV) 引起之高度傳染性疾病，主要對偶蹄類動物 (如：豬、鹿、牛、羊) 具感受性，疾病發生率可達100 %，除年幼動物外，否則死亡率極低。罹病之動物可見高燒，口吻、乳頭、及蹄部有水泡。
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牛傳染性鼻氣管炎 (呼吸道型)
(1). 潛伏期：4～6日，有些達20日。(2). 臨床疾病分型最常見呼吸道型，其他型多以不同程度併發。(3). 隱性感染者為重要傳染源，其病毒潛伏於三叉神經節及腰、薦神經節中，受刺激活化後排毒於鼻汁、陰道分泌物。(4). 病程多大於10日，嚴重則數小時內死亡。
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巴斯德桿菌症
是一種發熱性急性傳染病，以出血性敗血症與肺炎為特徵。可感染牛、羊、豬及兔子。
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沙門氏菌感染症
潛伏期：1-2 週，好發於 1-2 月齡犢牛。急性感染常見敗血症及胃腸炎；慢性感染則以肺炎及關節炎為主。
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弓蟲症
弓蟲的發育可以分為以下五個型態，滋養體(trophozoite)、組織囊體(tissue cyst)、裂殖體(schizont)、裂殖子(merozoite)和卵囊(oocyst)。
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牛球蟲病
據文獻報導感染牛隻的球蟲有14種，其中以Eimeria zurnii、E. bovis和E.auburnensis致病力最強，又以前面二者最為常見。
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放線菌病
主要好發於2至5歲之牛隻，通常侵犯頷骨並造成骨髓炎、骨膜炎，並可能形成化膿性之肉芽腫。
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氣腫疽(梭菌性肌炎，黑腿病)
為一種地方流行性且快速傳播之傳染病，通常會快速發病、高燒、患部肌肉腫脹且擠壓時有聲音，由於患處會有氣體且潰爛因此又稱為黑腿病。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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牛結節疹
牛結節疹有結節狀皮膚炎、潰瘍、淋巴結炎及單肢或多肢水腫等特點，發病率高但死亡率低，造成的經濟損失主要為產乳量下降、流產、不孕、牛皮無法利用等。牛結節疹最早於1929年，發生於北羅德西亞牛群，產生一種假性風疹(pseudo urticarial)，目前已存在許多非洲國家，從2000年開始於中東地區發現，而在2013年土耳其則有報告出現。
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Q熱
主要發生於牛、綿羊及山羊等，其他物種均可能帶原，主要造成繁殖障礙問題。病原於環境中抵抗性強，耐乾燥且於塵土中可生存數月到數年。
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牛囊蟲病
無鉤絛蟲生活史之中間宿主包括：牛、綿羊、山羊以及人類，可見牛囊尾幼蟲寄生，肉眼則可見囊孢之病變；終宿主為人類，寄生於人的小腸，8週後可見成蟲。
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白肌病
本病發生之主要原因為維生素E與硒等之缺乏；其他如營養不良、環境突發劇烈改變如秋冬與強制運動也為誘因。此病大多於小牛、新生牛隻身上見到，也可能影響成年牛隻，並且常在激烈運動之後發生。
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陰道脫垂
多發生於懷孕後期，由於固定陰道之組織及陰道本身鬆弛，與某些原因所造成之腹壓上升而引發。
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虱病
本疾病之主要病原，可分爲寄生於哺乳動物體表，以吸血爲主的吸血虱，和以食毛、皮屑爲生的毛虱。吸血虱包括牛血虱（Haematopinus eurysternus）、水牛盲虱（Solenopotes capilatus）和犢長顎虱（Linognathus vituli）；而毛虱成員爲牛毛虱（Bovicola bovis）。虱具宿主特異性，整個生活週期都在宿主身上完成，當宿主死亡時虱即另尋新宿主，以繼續生存，若到其它物種身上則很快就會死亡。
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山羊痘
人工感染潛伏期為2至3天，自然感染為8至13天，最長可達21天。病原對酸不穩定，對乾燥有抵抗力，在污染牧場中病毒至少可存活半年之久。故根據世界動物衛生組織 (O.I.E) 的規定，養羊場對於新進羊隻的隔離檢疫至少需21天，而受感染之羊場則須經半年之後，始得復養。發病率的起伏極大，死亡率常介於10％ 至50％，所有年齡層均會受到影響，仔羊的死亡率高。死亡率高峰期為全身病變出現後2週左右。若是發生在新爆發地區死亡率可高達100%，最主要的死因通常是嚴重肺炎造成的呼吸困難。
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黴漿菌性山羊傳染性角膜結膜炎
本病為高傳染性，造成綿羊及山羊眼睛炎症的細菌性疾病。本病原可潛伏在健康羊隻結膜，當有其它誘發因子時，造成羊隻發病。誘發因子如強光、粉塵、牧草等均可能造成眼睛的刺激，誘發疾病。傳染性角膜結膜炎會影響視力使家畜體重增重減少、產乳量下降，加上治療花費，造成農民明顯的經濟損失。
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羊腦灰質軟化症
本病為營養性疾病，一般認為與飼料中含硫胺素 (thiamine) 量有關，或與食入過多的硫有關。但是本病被認為是一個多原因性的疾病。有感受性的羊隻會呈現盲目、側躺、微震顫，進而死亡。
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