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赤羽病
為節肢動物媒介的病毒，經由吸血昆蟲傳播，如糠蠓，常造成牛、綿羊及山羊生產異常及繁殖障礙，常與死產或流產有關，，此病毒於實驗動物中，小鼠最具感受性，接種於腦內時會引起腦炎致死，但只有接種於母鼠腹腔或皮下時，始可引起流產或胎兒畸形，接種於雞胚胎卵黃囊時，會造成雞胚胎大腦發育異常或關節彎曲無法伸直等異常型態。
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牛流行熱
由牛流行熱病毒 (bovine ephemeral fever virus, BEFV) 病毒引起的一種發熱性急性傳染病。以高熱、呼吸困難、跛足為特徵。主要感染動物為乳牛、黃牛、水牛，偶有鹿之感染病例。所有不同品種、性別、年齡之牛隻均可能感染此病，其中以3-5歲的牛隻最易感染發病。
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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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惡性卡他熱
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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假性狂犬病
此病毒對外在抵抗力強，夏天於牛舍乾草中，病毒能生存30天，冬天可存活達46天，土壤內可達3個月的存活時間。但許多消毒劑皆能使病毒失去活性。病毒由上呼吸道侵入，再進入中樞神經系統，亦可經由嗅神經、三叉神經和舌咽神經入侵延腦，病毒在上呼吸道繁殖經鼻腔及呼吸道的分泌物排出。
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沙門氏菌感染症
潛伏期：1-2 週，好發於 1-2 月齡犢牛。急性感染常見敗血症及胃腸炎；慢性感染則以肺炎及關節炎為主。
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弓蟲症
弓蟲的發育可以分為以下五個型態，滋養體(trophozoite)、組織囊體(tissue cyst)、裂殖體(schizont)、裂殖子(merozoite)和卵囊(oocyst)。
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牛球蟲病
據文獻報導感染牛隻的球蟲有14種，其中以Eimeria zurnii、E. bovis和E.auburnensis致病力最強，又以前面二者最為常見。
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狂犬病
為一種急性病毒性腦脊髓炎，在人畜共通傳染病裡尤為重要，所有溫血動物皆會感染，且死亡率高達100%，病毒對神經組織具有親和性，感染的動物會出現神經症狀。此病毒對於溫度、有機溶劑、酸和大多數的消毒劑皆相當敏感，於室溫時，數日之內會失去活性。
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犢牛輪狀病毒感染症
本疾病病原為輪狀病毒，主要發生在犢牛，小腸為其主要的感染部位，會造成腸絨毛的破壞，使腸陷窩的柱狀上皮細胞被未成熟的立方上皮細胞取代。未成熟的立方上皮細胞雖然對病毒有抵禦能力，但因為雙醣酶和鈉-鉀ATP酶活性的缺乏，導致犢牛吸收和消化功能受到嚴重影響。未成熟的立方上皮細胞取代原有上皮細胞後，會在腸絨毛已被破壞的情況下仍維持正常分泌，導致分泌大於吸收，造成犢牛腹瀉。在上述的情況下，腸道的滲透壓會升高，水會隨著乳糖及其它未消化物質通過腸腔，產生揮發性脂肪酸，嚴重可致代謝性酸中毒。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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壞死桿菌病
壞死桿菌廣泛分布於環境中如土壤、糞便等，在牛隻口腔、腸道中也可分離出本菌。本病好發於體表如皮膚組織與消化道，也可能轉移至內臟。臨床上於成牛會轉變為腐蹄病，而於小牛則轉變為壞死性口炎，俗稱白喉。
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白肌病
本病發生之主要原因為維生素E與硒等之缺乏；其他如營養不良、環境突發劇烈改變如秋冬與強制運動也為誘因。此病大多於小牛、新生牛隻身上見到，也可能影響成年牛隻，並且常在激烈運動之後發生。
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陰道脫垂
多發生於懷孕後期，由於固定陰道之組織及陰道本身鬆弛，與某些原因所造成之腹壓上升而引發。
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羊搔癢症
羊搔癢症是傳染性海綿狀腦病（Transmissible spongiform encephalopathy; TSE）的一種，由普利昂蛋白感染所致，造成宿主中樞神經系統的細胞膜上蓄積了許多異常之醣蛋白（Scrapie Prion Protein; PrPSc）， 形成腦部的退化性疾病。罹病動物產生劇癢、共濟失調、衰弱及死亡。主要感染的動物是綿羊及山羊，目前未有報告會感染人類。此外，病原還有抗熱、抗化學藥物及抗輻射等特性。
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羊腦灰質軟化症
本病為營養性疾病，一般認為與飼料中含硫胺素 (thiamine) 量有關，或與食入過多的硫有關。但是本病被認為是一個多原因性的疾病。有感受性的羊隻會呈現盲目、側躺、微震顫，進而死亡。
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小反芻獸疫
本病毒為一具有封套 (envelope) 之單股核醣核酸 (RNA) 病毒，其分類主要是基於其融合蛋白基因（Fusion protein gene, F），可知共有四族系（lineage），族系1及2僅於西非可見。而族系3在東非可見，族系4則在中東及亞洲可見，而族系4與族系1相似。病原主要感染綿羊及山羊，但也會感染其他野生動物，如紅鹿 (Cervus elaphus)、白尾鹿 (Odocoileus virginianus)、瞪羚 (Gazelle)、阿爾卑斯野山羊(ibex) 及野生綿羊。
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李斯特菌病
單核細菌增生性李斯特菌，又名李斯特菌。是一種兼性厭氧、型小、有移動性、革蘭氏陽性、非孢子形成，有強烈抗環境性，雙極染色性之球桿菌。可以在4-44 °C中生存。病原主要是生長在有植物的土壤中，有大於42種動物及22種鳥類、魚、昆蟲及其他許多環境中均能生存。李斯特菌主要生長在土壤中及哺乳動物的胃腸道中，因此，二者均非常容易造成植物(蔬菜類)中含有本菌而造成人因食入而造成感染。本病原不喜在酸性環境中生長。
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山羊關節炎腦炎
CAE廣泛分佈於多數工業化國家，而開發中國家的原生山羊除非曾與進口山羊接觸，否則很少出現此病。盛行率會隨年齡增加，但無關性別。多數山羊在年輕時即染病而終身帶原，並於感染後數月到數年後發病。
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