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藍舌病
本疾病為藉由Culicoides variipennis或Culicoides oxystoma等庫蠓傳播的病毒性傳染病，主要感染家畜和野生類動物反芻類。家畜中感受性高低依序為綿羊、牛和山羊；鹿、羚羊和巨角野羊等野生反芻動物也會感染本病，其中以鹿的感受性最高。最早在綿羊發現本病，因為它會引起舌頭發紺呈藍紫色，所以稱本疾病為藍舌病。本病於牛通常呈不顯性感染，急性病例可於蹄冠、陰道、乳頭和口腔等處之皮膚見到潰瘍，因此過去稱本病為假性口蹄疫 (Pseudo-foot and mouth disease)。
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牛流行熱
由牛流行熱病毒 (bovine ephemeral fever virus, BEFV) 病毒引起的一種發熱性急性傳染病。以高熱、呼吸困難、跛足為特徵。主要感染動物為乳牛、黃牛、水牛，偶有鹿之感染病例。所有不同品種、性別、年齡之牛隻均可能感染此病，其中以3-5歲的牛隻最易感染發病。
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彎曲桿菌症
C. jejuni為人畜共通傳染病，主要造成下痢的症狀。菌體為多型性，呈S型、弧狀、螺旋狀或逗點狀，菌體具有鞭毛，有運動性，培養時需於微好氧的環境，不同菌種生長所需的溫度不同，C. jejuni可於37-43oC生長，C. fetus需低於25oC才可生長，對環境抵抗力不強，乾燥環境、曝曬於陽光下或一般消毒劑均可殺死。
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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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口蹄疫
口蹄疫是由Picronaviridae科，Alphthovirus屬之口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus；FMDV) 引起之高度傳染性疾病，主要對偶蹄類動物 (如：豬、鹿、牛、羊) 具感受性，疾病發生率可達100 %，除年幼動物外，否則死亡率極低。罹病之動物可見高燒，口吻、乳頭、及蹄部有水泡。
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牛傳染性鼻氣管炎 (呼吸道型)
(1). 潛伏期：4～6日，有些達20日。(2). 臨床疾病分型最常見呼吸道型，其他型多以不同程度併發。(3). 隱性感染者為重要傳染源，其病毒潛伏於三叉神經節及腰、薦神經節中，受刺激活化後排毒於鼻汁、陰道分泌物。(4). 病程多大於10日，嚴重則數小時內死亡。
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惡性卡他熱
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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假性狂犬病
此病毒對外在抵抗力強，夏天於牛舍乾草中，病毒能生存30天，冬天可存活達46天，土壤內可達3個月的存活時間。但許多消毒劑皆能使病毒失去活性。病毒由上呼吸道侵入，再進入中樞神經系統，亦可經由嗅神經、三叉神經和舌咽神經入侵延腦，病毒在上呼吸道繁殖經鼻腔及呼吸道的分泌物排出。
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子宮蓄膿
子宮蓄膿是指牛隻子宮內存有膿汁，通常因為異常分娩、子宮感染發生，直腸檢查時可發現卵巢有黃體存在，子宮膨大沈於腹腔下方，子宮內有波動感但完全無收縮性，壓迫子宮有時會有膿汁排出。子宮蓄膿症很少有全身的症狀出現，可由胎衣滯留、交配感染或子宮炎轉化而來。如果是在配種後發生的，大多與早期胚胎死亡有關，應當懷疑牛隻患有造成胎兒死亡的疾病，像是滴蟲症。如果是在分娩後發生的，則可懷疑是否有胎衣滯留、異常分娩造成子宮復舊延緩。
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沙門氏菌感染症
潛伏期：1-2 週，好發於 1-2 月齡犢牛。急性感染常見敗血症及胃腸炎；慢性感染則以肺炎及關節炎為主。
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弓蟲症
弓蟲的發育可以分為以下五個型態，滋養體(trophozoite)、組織囊體(tissue cyst)、裂殖體(schizont)、裂殖子(merozoite)和卵囊(oocyst)。
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牛球蟲病
據文獻報導感染牛隻的球蟲有14種，其中以Eimeria zurnii、E. bovis和E.auburnensis致病力最強，又以前面二者最為常見。
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狂犬病
為一種急性病毒性腦脊髓炎，在人畜共通傳染病裡尤為重要，所有溫血動物皆會感染，且死亡率高達100%，病毒對神經組織具有親和性，感染的動物會出現神經症狀。此病毒對於溫度、有機溶劑、酸和大多數的消毒劑皆相當敏感，於室溫時，數日之內會失去活性。
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牛病毒性下痢
牛病毒性下痢為由黃病毒科 (Flaviridae) 之瘟疫病毒屬 (Pestivirus) 所引起之傳染病。此病造成動物長期帶原與免疫抑制，且導致懷孕母牛流死產與受胎率下降、公牛精液異常以及小牛生長緩慢，並造成經濟上損失。症狀於嚴重之黏膜病可見整段消化道黏膜之充血、出血、糜爛及潰瘍之情形。
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犢牛冠狀病毒感染症
本疾病為病原為冠狀病毒，主要發生在7-10日齡之犢牛，有時亦可見於約3週齡之犢牛，小腸為其主要的感染部位。牛隻可以經口或呼吸道感染本病毒。病毒在侵犯消化道之後，會在小腸前段絨毛上皮進行增殖，之後會漸漸侵犯到小腸後段及大腸，造成嚴重的結腸炎。被感染的成熟腸細胞會失去吸收和分泌正常消化酵素的能力，使得腸道消化的能力下降，使得含有大量乳糖的未消化食物增加細菌的繁殖活性和滲透壓上升，導致更多水分進入腸腔，發生吸收不良性下痢。
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犢牛隱孢子蟲感染症
本疾病之病原為 Cryptosporidium muris，主要發生在5-28日齡之犢牛，有時亦可見於約1月齡之犢牛，腸道為其主要的寄生部位，嚴重時整個消化道都可能被其寄生。隱孢子蟲感染正可以經糞口途徑或受污染的飼料與水源等來傳播，隱孢子蟲的卵囊在被牛隻食入後，會在體內釋出子孢子，子孢子對所有消化道皆具有親和力，其中又以迴腸黏膜和小腸腸細孢為最強。子孢子會在會在細孢的表面形成空泡，空泡破掉以後會是出裂殖子，進而感染其它腸細孢，造成大量的腸細孢被破壞。寄生在腸道的隱孢子蟲有20 %是薄壁卵囊，另外的80 %是厚壁卵囊，前者可以留在體內形成持續性的感染，後者則是會隨著糞便排出體外。
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犢牛輪狀病毒感染症
本疾病病原為輪狀病毒，主要發生在犢牛，小腸為其主要的感染部位，會造成腸絨毛的破壞，使腸陷窩的柱狀上皮細胞被未成熟的立方上皮細胞取代。未成熟的立方上皮細胞雖然對病毒有抵禦能力，但因為雙醣酶和鈉-鉀ATP酶活性的缺乏，導致犢牛吸收和消化功能受到嚴重影響。未成熟的立方上皮細胞取代原有上皮細胞後，會在腸絨毛已被破壞的情況下仍維持正常分泌，導致分泌大於吸收，造成犢牛腹瀉。在上述的情況下，腸道的滲透壓會升高，水會隨著乳糖及其它未消化物質通過腸腔，產生揮發性脂肪酸，嚴重可致代謝性酸中毒。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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牛結節疹
牛結節疹有結節狀皮膚炎、潰瘍、淋巴結炎及單肢或多肢水腫等特點，發病率高但死亡率低，造成的經濟損失主要為產乳量下降、流產、不孕、牛皮無法利用等。牛結節疹最早於1929年，發生於北羅德西亞牛群，產生一種假性風疹(pseudo urticarial)，目前已存在許多非洲國家，從2000年開始於中東地區發現，而在2013年土耳其則有報告出現。
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壞死桿菌病
壞死桿菌廣泛分布於環境中如土壤、糞便等，在牛隻口腔、腸道中也可分離出本菌。本病好發於體表如皮膚組織與消化道，也可能轉移至內臟。臨床上於成牛會轉變為腐蹄病，而於小牛則轉變為壞死性口炎，俗稱白喉。
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