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牛副結核病
主要發生於牛、羊等反芻動物的慢性致死性肉芽腫性腸炎，為漸進消耗性傳染病。感染初期無臨床症狀，但可持續從糞便中排菌汙染環境；發病動物會呈現頑固性下痢和漸進性體重減輕等臨床症狀，疾病末期由於腸道大量蛋白質流失造成特徵性下頷水腫( bottle jaw)，最後因脫水和惡病質而死亡。
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彎曲桿菌症
C. jejuni為人畜共通傳染病，主要造成下痢的症狀。菌體為多型性，呈S型、弧狀、螺旋狀或逗點狀，菌體具有鞭毛，有運動性，培養時需於微好氧的環境，不同菌種生長所需的溫度不同，C. jejuni可於37-43oC生長，C. fetus需低於25oC才可生長，對環境抵抗力不強，乾燥環境、曝曬於陽光下或一般消毒劑均可殺死。
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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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惡性卡他熱
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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沙門氏菌感染症
潛伏期：1-2 週，好發於 1-2 月齡犢牛。急性感染常見敗血症及胃腸炎；慢性感染則以肺炎及關節炎為主。
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牛球蟲病
據文獻報導感染牛隻的球蟲有14種，其中以Eimeria zurnii、E. bovis和E.auburnensis致病力最強，又以前面二者最為常見。
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牛病毒性下痢
牛病毒性下痢為由黃病毒科 (Flaviridae) 之瘟疫病毒屬 (Pestivirus) 所引起之傳染病。此病造成動物長期帶原與免疫抑制，且導致懷孕母牛流死產與受胎率下降、公牛精液異常以及小牛生長緩慢，並造成經濟上損失。症狀於嚴重之黏膜病可見整段消化道黏膜之充血、出血、糜爛及潰瘍之情形。
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犢牛冠狀病毒感染症
本疾病為病原為冠狀病毒，主要發生在7-10日齡之犢牛，有時亦可見於約3週齡之犢牛，小腸為其主要的感染部位。牛隻可以經口或呼吸道感染本病毒。病毒在侵犯消化道之後，會在小腸前段絨毛上皮進行增殖，之後會漸漸侵犯到小腸後段及大腸，造成嚴重的結腸炎。被感染的成熟腸細胞會失去吸收和分泌正常消化酵素的能力，使得腸道消化的能力下降，使得含有大量乳糖的未消化食物增加細菌的繁殖活性和滲透壓上升，導致更多水分進入腸腔，發生吸收不良性下痢。
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犢牛隱孢子蟲感染症
本疾病之病原為 Cryptosporidium muris，主要發生在5-28日齡之犢牛，有時亦可見於約1月齡之犢牛，腸道為其主要的寄生部位，嚴重時整個消化道都可能被其寄生。隱孢子蟲感染正可以經糞口途徑或受污染的飼料與水源等來傳播，隱孢子蟲的卵囊在被牛隻食入後，會在體內釋出子孢子，子孢子對所有消化道皆具有親和力，其中又以迴腸黏膜和小腸腸細孢為最強。子孢子會在會在細孢的表面形成空泡，空泡破掉以後會是出裂殖子，進而感染其它腸細孢，造成大量的腸細孢被破壞。寄生在腸道的隱孢子蟲有20 %是薄壁卵囊，另外的80 %是厚壁卵囊，前者可以留在體內形成持續性的感染，後者則是會隨著糞便排出體外。
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犢牛輪狀病毒感染症
本疾病病原為輪狀病毒，主要發生在犢牛，小腸為其主要的感染部位，會造成腸絨毛的破壞，使腸陷窩的柱狀上皮細胞被未成熟的立方上皮細胞取代。未成熟的立方上皮細胞雖然對病毒有抵禦能力，但因為雙醣酶和鈉-鉀ATP酶活性的缺乏，導致犢牛吸收和消化功能受到嚴重影響。未成熟的立方上皮細胞取代原有上皮細胞後，會在腸絨毛已被破壞的情況下仍維持正常分泌，導致分泌大於吸收，造成犢牛腹瀉。在上述的情況下，腸道的滲透壓會升高，水會隨著乳糖及其它未消化物質通過腸腔，產生揮發性脂肪酸，嚴重可致代謝性酸中毒。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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牛邊緣無形體病
成年牛隻對此病感受性較幼年牛隻高。該病原為絕對細胞內寄生，主要感染動物之紅血球，會造成紅血球脆弱而導致嚴重貧血。受感染的動物通常不示臨床症狀，但若有其他內、外因子造成緊迫等則可能發病，死亡率低，但老年牛隻 (2 ~ 3歲) 死亡率約20 ~ 50 %。耐過之動物恢復期可長達3個月，恢復後成為帶菌者，但血液中不易發現邊緣小體 (Marginal body) 的存在。
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第四胃 (皺胃) 異位
第四胃 (皺胃) 異位 (displaced abomasum) 為乳牛消化道問題中最常見之外科疾病。依異位之位置不同，可分為左側皺胃異位 (left displaced abomasum; LDA) 及右側皺胃異位 (right displaced abomasum; RDA)。LDA 佔所有病例中的80% ~ 90%。第四胃異位好發於分娩後一個月內之高產乳牛，較少在產前三個月及分娩前發生。
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冬季痢疾
本疾病為病原目前仍然未明。最早懷疑病原為彎曲桿菌，但無法藉由柯霍氏假說得到驗證，後來MacPherson等人以感染牛的糞便成功感染其他牛隻，因此懷疑為病毒所造成。近年來，所有病力的報告都將病原指向冠狀病毒，但仍需更精確的實驗證明。本病主要發生在成牛，因為發病期間通常為10月至隔年4月，故獲稱為冬季痢疾。本病傳染能力很強，除了會影響感染牛隻的健康狀況，還會降低產乳量，因此造成農民極大的經濟損失。
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羊隠孢子蟲感染症
隠孢子蟲廣泛存在於土壤及環境中，並對環境的改變及消毒劑較無感受性，因此，容易感染羊隻，造成仔羊的死亡。清除隠孢子蟲的唯一方式為充分清潔，使無污泥或糞便留存。另者，應防止其污染水源及食物，造成人之感染。在冷水中或較濕冷環境中，卵可以無感染能力的狀態下，存活數個月之久。而受感染之動物（牛、羊、綿羊）可以排出卵數月之久。
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腸毒血症
腸毒血症，一般稱為過食病(overeating)或腐腎病(pulpy kidney disease)。主要是因為從腸上皮絨毛吸收了過量的產氣莢膜梭菌的毒素所造成的。產氣莢膜梭菌根據其所產生的毒素alpha(CPA), beta(CPB), epsilon (ETX)及iota (ITX)可分為為A, B, C, D, 及E五種毒素型（表一）。一般而言，產氣莢膜梭菌type C 及D，是最常從健康的羊及環境中的土壤所發現，在某些情形下，尤其是吃入過量精料，腸道之產氣莢膜梭菌過度生長而產生過多的毒素時，就會造成本病。
幼年羊隻較容易罹患本病，並有突然死亡及高感染率的情形。由於本病原在健康羊隻的腸道，因此，成年羊隻因已產生抗體，故較不會受到病原的影響。
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乳酸中毒症
當動物食入過多的穀類(在台灣以玉米為主)時，會造成瘤胃細菌(尤其是Streptococcus bovis)過量生長，經由代謝而產生過多之乳酸，使瘤胃之pH值小於5，而使得其中之原蟲及其他需求中性環境之細菌死亡。在此環境中，乳酸菌又過度生長，產生更多的乳酸，因滲透壓之改變，造成水份向瘤胃集中，而使動物脫水。
乳酸經由血液吸收後，由於肝臟無法及時處理而造成血液中堆積過多乳酸，產生乳酸酸血症，造成血液濃縮(hemoconcentration)，心循環系統衰弱 (cardiovascular collapse)、腎衰竭，肌肉衰弱、休克最後死亡。未死亡的動物常在數週後有瘤胃內黴素增生 (mycotic rumenitis)，及肝膿腫的情形出現。
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小反芻獸疫
本病毒為一具有封套 (envelope) 之單股核醣核酸 (RNA) 病毒，其分類主要是基於其融合蛋白基因（Fusion protein gene, F），可知共有四族系（lineage），族系1及2僅於西非可見。而族系3在東非可見，族系4則在中東及亞洲可見，而族系4與族系1相似。病原主要感染綿羊及山羊，但也會感染其他野生動物，如紅鹿 (Cervus elaphus)、白尾鹿 (Odocoileus virginianus)、瞪羚 (Gazelle)、阿爾卑斯野山羊(ibex) 及野生綿羊。
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山羊接觸傳染性胸膜肺炎
本病傳染性可達100%及致死率60%-100%。故列為重要動物傳染病。本病可由帶原動物將病原傳播至新的未感染的地區，在密飼空間中，更容易傳播本病。肺炎及胸膜肺炎也可由其他的黴漿菌，如M. mycoides capri 傳播，則因其毒力較弱，故感染率及死亡率均較低，且會造成關節及乳房部感染。
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傳染性無乳症
傳染性無乳症，可感染山羊及綿羊，造成乳房炎、關節炎及角膜結膜炎(keratoconjunctivitis)。也可能造成流產。但是其感染必須和M. capricolum subsp. capricolum (Mcc)，M. mycoides subsp. Capri (Mmc)及M. putrefaciens感染性進行區別診斷。
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