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牛副結核病
主要發生於牛、羊等反芻動物的慢性致死性肉芽腫性腸炎，為漸進消耗性傳染病。感染初期無臨床症狀，但可持續從糞便中排菌汙染環境；發病動物會呈現頑固性下痢和漸進性體重減輕等臨床症狀，疾病末期由於腸道大量蛋白質流失造成特徵性下頷水腫( bottle jaw)，最後因脫水和惡病質而死亡。
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彎曲桿菌症
C. jejuni為人畜共通傳染病，主要造成下痢的症狀。菌體為多型性，呈S型、弧狀、螺旋狀或逗點狀，菌體具有鞭毛，有運動性，培養時需於微好氧的環境，不同菌種生長所需的溫度不同，C. jejuni可於37-43oC生長，C. fetus需低於25oC才可生長，對環境抵抗力不強，乾燥環境、曝曬於陽光下或一般消毒劑均可殺死。
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犢牛大腸桿菌症
犢牛大腸桿菌病又稱犢牛白痢，由大腸桿菌所引起的急性傳染病。一般而言，大腸桿菌為環境中常在菌叢，動物在出生後很短時間內，大腸桿菌就可隨乳汁或其他食物進入胃腸道而成為正常菌叢。若新生犢牛免疫力低下或發生消化障礙時，則可能因大腸桿菌過度增殖或毒素的生成而發病。
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口蹄疫
口蹄疫是由Picronaviridae科，Alphthovirus屬之口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus；FMDV) 引起之高度傳染性疾病，主要對偶蹄類動物 (如：豬、鹿、牛、羊) 具感受性，疾病發生率可達100 %，除年幼動物外，否則死亡率極低。罹病之動物可見高燒，口吻、乳頭、及蹄部有水泡。
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假性狂犬病
此病毒對外在抵抗力強，夏天於牛舍乾草中，病毒能生存30天，冬天可存活達46天，土壤內可達3個月的存活時間。但許多消毒劑皆能使病毒失去活性。病毒由上呼吸道侵入，再進入中樞神經系統，亦可經由嗅神經、三叉神經和舌咽神經入侵延腦，病毒在上呼吸道繁殖經鼻腔及呼吸道的分泌物排出。
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子宮蓄膿
子宮蓄膿是指牛隻子宮內存有膿汁，通常因為異常分娩、子宮感染發生，直腸檢查時可發現卵巢有黃體存在，子宮膨大沈於腹腔下方，子宮內有波動感但完全無收縮性，壓迫子宮有時會有膿汁排出。子宮蓄膿症很少有全身的症狀出現，可由胎衣滯留、交配感染或子宮炎轉化而來。如果是在配種後發生的，大多與早期胚胎死亡有關，應當懷疑牛隻患有造成胎兒死亡的疾病，像是滴蟲症。如果是在分娩後發生的，則可懷疑是否有胎衣滯留、異常分娩造成子宮復舊延緩。
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弓蟲症
弓蟲的發育可以分為以下五個型態，滋養體(trophozoite)、組織囊體(tissue cyst)、裂殖體(schizont)、裂殖子(merozoite)和卵囊(oocyst)。
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牛球蟲病
據文獻報導感染牛隻的球蟲有14種，其中以Eimeria zurnii、E. bovis和E.auburnensis致病力最強，又以前面二者最為常見。
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放線菌病
主要好發於2至5歲之牛隻，通常侵犯頷骨並造成骨髓炎、骨膜炎，並可能形成化膿性之肉芽腫。
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放線桿菌病
本病為一種會侵犯頭部與頸部皮膚與軟組織之慢性化膿性肉芽腫性疾病，典型的特徵性病變為感染舌頭組織使之變硬，因此又稱為木舌病。
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牛病毒性下痢
牛病毒性下痢為由黃病毒科 (Flaviridae) 之瘟疫病毒屬 (Pestivirus) 所引起之傳染病。此病造成動物長期帶原與免疫抑制，且導致懷孕母牛流死產與受胎率下降、公牛精液異常以及小牛生長緩慢，並造成經濟上損失。症狀於嚴重之黏膜病可見整段消化道黏膜之充血、出血、糜爛及潰瘍之情形。
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牛白血病
病牛及帶原牛為本疾病的主要傳染源。病毒主要感染B淋巴細胞，造成病毒血症。但抗體出現之後病毒會躲藏至B淋巴細胞之DNA中，導致感染牛之終身帶原。
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牛結節疹
牛結節疹有結節狀皮膚炎、潰瘍、淋巴結炎及單肢或多肢水腫等特點，發病率高但死亡率低，造成的經濟損失主要為產乳量下降、流產、不孕、牛皮無法利用等。牛結節疹最早於1929年，發生於北羅德西亞牛群，產生一種假性風疹(pseudo urticarial)，目前已存在許多非洲國家，從2000年開始於中東地區發現，而在2013年土耳其則有報告出現。
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Q熱
主要發生於牛、綿羊及山羊等，其他物種均可能帶原，主要造成繁殖障礙問題。病原於環境中抵抗性強，耐乾燥且於塵土中可生存數月到數年。
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牛囊蟲病
無鉤絛蟲生活史之中間宿主包括：牛、綿羊、山羊以及人類，可見牛囊尾幼蟲寄生，肉眼則可見囊孢之病變；終宿主為人類，寄生於人的小腸，8週後可見成蟲。
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壞死桿菌病
壞死桿菌廣泛分布於環境中如土壤、糞便等，在牛隻口腔、腸道中也可分離出本菌。本病好發於體表如皮膚組織與消化道，也可能轉移至內臟。臨床上於成牛會轉變為腐蹄病，而於小牛則轉變為壞死性口炎，俗稱白喉。
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陰道脫垂
多發生於懷孕後期，由於固定陰道之組織及陰道本身鬆弛，與某些原因所造成之腹壓上升而引發。
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牛焦蟲病
幼年的牛對此病的感受性低，感染後通常沒有症狀，且可以維持長時間的保護力。9 ~ 12週以上的牛隻對此病的感受性則提升。水牛和黃牛可感染但不發病。感染過的動物會成為帶原者。
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牛滴蟲病
T. foetus主要感染牛的生殖系統。在公牛感染不顯示臨床症狀，也不影響其生殖性能或精液品質，但能成為帶菌者經由交配過程傳染給母牛。但因T. foetus對乾燥及高溫敏感，故無法在環境中長期生存。
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羊搔癢症
羊搔癢症是傳染性海綿狀腦病（Transmissible spongiform encephalopathy; TSE）的一種，由普利昂蛋白感染所致，造成宿主中樞神經系統的細胞膜上蓄積了許多異常之醣蛋白（Scrapie Prion Protein; PrPSc）， 形成腦部的退化性疾病。罹病動物產生劇癢、共濟失調、衰弱及死亡。主要感染的動物是綿羊及山羊，目前未有報告會感染人類。此外，病原還有抗熱、抗化學藥物及抗輻射等特性。
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